Las actividades oficiales de esta rama de la defensa se iniciaron en el año 1817, cuando el gobierno patriota decidió crear la Comandancia de Marina.
Sin embargo, no contaba con la dotación adecuada para cumplir uno de los objetivos que se trazó el gobierno de Bernardo O’Higgins: la dominación del mar para asegurar la Independencia de América del Sur (después de Chacabuco, el Libertador sentenció: «Este triunfo y cien más se harán insignificantes si no dominamos el mar»)…
En ese momento, las fuerzas españolas todavía controlaban Chiloé, Valdivia y Talcahuano, mientras que las tropas del virrey del Perú podían llegar fácilmente para restaurar la Colonia.
Pese a las condiciones desmedradas en que se encontraba la economía nacional, se decidió emprender la empresa de crear la primera Escuadra Nacional, a la que le cupo un brillante desempeño en la emancipación de las naciones americanas. Para iniciar estas tareas organizativas se designó al teniente coronel Manuel Blanco Encalada.
En 1818 se creó la Comandancia General de Marina, a cuyo cargo el gobierno designó a Blanco Encalada, con lo cual llegaba a jefe de la Marina de Guerra chilena. En los primeros meses los esfuerzos se destinaron a la adquisición de barcos que pudieran armarse para la guerra, para lo cual se procedió a comprar algunos e incluso a confiscar otros. Problema aparte era el tema de las tripulaciones, por cuanto en el país no existía suficiente personal con experiencia en estos temas. Por ello se reclutó una cantidad importante de marineros extranjeros, principalmente ingleses, que se alistaron motivados por el salario, pero por esa misma razón y su condición de mercenarios, desertaban a menudo, con el objeto de enrolarse en navíos corsarios que pasaban por las costas de Chile.
La Escuadra nacional desde Chile a un país vecino
Los esfuerzos del gobierno materia de tripulación llegaron incluso a disponer el enrolamiento masivo, de pescadores y hasta de vagos, de forma obligatoria o «semivoluntaria». Como resultado de esto, la tripulación con que contaban los barcos de la naciente flotilla nacional estaba integrada por gente violenta, indisciplinada y carente de conocimientos respecto a las actividades marineras, y más aún, respecto a lo relativo al servicio de los navíos de guerra. Pese a estas dificultades, en noviembre de 1818, el gobierno chileno tomó la decisión de enviar la Expedición Libertadora del Perú.
Ya en 1820 habían concluido los preparativos y la primera Escuadra Nacional, al mando del marino británico Thomas Alexander Cochrane, zarpó de Valparaíso el 20 de agosto de 1820, formada por las fragatas O’Higgins y Lautaro, el navío San Martín, la corbeta Independencia, los bergantines Araucano y Galvarino y la goleta Moctezuma, tripuladas por 2.000 hombres.