En 1856 un simple conflicto disciplinario en la catedral de Santiago produjo un enfrentamiento de insospechadas proporciones entre la Iglesia y el Estado.
Este conflicto, conocido como «La cuestión del sacristán», dividió a la sociedad tomando partido según sus ideas políticas y religiosas. Dos sacerdotes, canónigos del cabildo eclesiástico, entraron en conflicto con los demás miembros de esta institución, a raíz del despido de un sacristán del templo, contienda que sentenció el arzobispo Rafael Valdivieso a favor de la mayoría. El asunto debió haberse quedado ahí; pero los canónigos resistieron la resolución del arzobispo, el cual procedió a suspenderlos a divinis, castigo que los privaba del ejercicio de las funciones sacerdotales; frente a esto, los sacerdotes recurrieron de fuerza ante la Corte Suprema, es decir, apelaron ante el tribunal estatal una sentencia eclesiástica.
Según la oposición liberal y sectores importantes del gobierno, aquél era un derecho incuestionable del Estado que se hallaba consagrado en la Constitución política. Según los sectores más apegados a la Iglesia tal derecho jamás fue concedido por el papa al Estado de Chile y, en consecuencia, éste se entrometió en un asunto interno de la Iglesia.
La Corte Suprema vio la apelación y resolvió a los canónigos, ordenando al arzobispo el levantamiento del castigo, pero Valdivieso desconoció la facultad de los tribunales estatales y se negó a cumplir la sentencia. La actitud de rebeldía de la principal autoridad eclesiástica chilena dividió profundamente a la sociedad chilena. Algunos sostuvieron que frente a la cuestión del sacristán la razón estaba de parte del arzobispo e hicieron causa común con él; se contaban aquí parlamentarios del gobierno, consejeros de Estado y algunos de los hombres más influyentes del peluconismo; la opinión pública comenzó a llamarlos “ultramontanos”, es decir, seguidores del papado, y pronto formaron el Partido Conservador. Otros apoyaron a la Corte Suprema y sostuvieron que, siendo esta competente para conocer el recurso de fuerza, el fallo tenía que cumplirse. Si el arzobispo no se sometía, debía ser castigado ejemplarmente.
El presidente de la República, Manuel Montt, hombre apegado a la ley, se mostró en todo momento partidario del patronato. En consecuencia, de la competencia de la Corte en este asunto y, resuelto a hacer cumplir el fallo, ante la negativa del arzobispo a cumplirlo, lo amenazó con extrañamiento y ocupación de las temporalidades de la Iglesia. Se motejó de “monttvaristas” a quienes apoyaban al presidente y a su ministro Antonio Varas en este asunto, y que luego formarían el Partido Nacional.
«La cuestión del sacristán» se resolvió con la misma facilidad que había empezado; los canónigos arrepentidos pidieron el perdón del arzobispo, quien les levantó la suspensión, con lo que el fallo del Tribunal Supremo estaba cumplido y resultaba improcedente la expulsión de monseñor Valdivieso. Pero la situación política jamás podría volver a ser la misma. El peluconismo se quebró para siempre y “ultramontano” y “monttvarista” se constituyeron como dos partidos. Los primeros pasaron a la oposición y formaron con sectores del liberalismo la Fusión Liberal Conservadora. A partir de entonces, y por varias décadas, las grandes discusiones entre los partidos giraron en torno a las llamadas “cuestiones teológicas”, es decir, de aquellos temas que directa o indirectamente se relacionaban con la Iglesia y la religión, y la influencia que éstos debían tener en la sociedad y la cultura en Chile.