Fue una de las más violentas revoluciones del siglo XIX, provocada por el conflicto entre el poder ejecutivo (Presidente) y el legislativo (Congreso).
En sus orígenes se encontraba la imposibilidad del presidente José Manuel Balmaceda de unir a los partidos liberales, los cuales le habían apoyado en su candidatura, y que se encontraban dispersos. En lugar de ello se produjo la unión liberal en torno al Congreso y contra el ejecutivo, formando una coalición que se conoció como el Cuadrilátero, integrada por liberales disidentes, mocetones, nacionales y radicales. Como oposición comenzaron a provocar problemas administrativos y a derribar gabinetes ministeriales.
Balmaceda llegó a tener hasta 13 ministerios durante el período anterior a la revolución. Uno de los objetivos de la oposición era conseguir la libertad electoral que impidiera al gobierno arreglar las elecciones para imponer al candidato oficial. Ante la proximidad de los comicios presidenciales se temía que Balmaceda impusiera la candidatura de su amigo Enrique Sanfuentes, quien no contaba con sus simpatías.
Ante todas estas dificultades, el gobierno estuvo en varias oportunidades en condiciones de imponer una dictadura que le permitiera gobernar sin el fuerte contrapeso del Congreso. Por mediación del arzobispo Mariano Casanova, el parlamento aceptó aprobar algunas leyes a condición de que se cambiara el gabinete, a lo que Balmaceda accedió. Pero poco después, éste decidió formar un ministerio integrado por amigos personales suyos, rompiendo así con el Congreso, el cual respondió no aprobando la ley de presupuesto para 1891, ante lo que Balmaceda, en enero, declaró que seguía vigente la ley del año anterior. Es por ello que los congresistas firmaron un acta solicitando la deposición del presidente. Ambos poderes se pusieron al margen de la constitución, por lo que la única salida parecía ser la lucha armada.
Los opositores formaron una Junta de Gobierno (que se mantuvo activa en la clandestinidad mientras duró la guerra civil) y designaron a Jorge Montt para que colaborara con el Congreso.
Declarada la guerra, el 7 de enero de 1891, el Congreso contó con el apoyo de la mayor parte de la Escuadra Nacional, dirigida por Montt. En este bando se encontraba el presidente de la cámara de diputados y el vicepresidente del senado, además contaba con el apoyo de la mayoría de la aristocracia chilena y de la clase media. El Ejecutivo, por su parte, contaba con el ejército de línea, que fue engrosado median te la práctica del enrolamiento obligatorio, lo que disminuyó la popularidad del gobierno en las clases populares. Se produjeron barios comunicados de las tropas en Concepción, Punta Arenas, Ancud y Coquimbo, en todos los casos, en contra del gobierno.
Los primeros momentos de la revolución fueron vacilantes y las tropas del Congreso se mostraban incapaces de mantener las posiciones que conquistaban. En el inicio de las acciones bélicas, la escuadra se encargó de dominar la zona norte, obteniendo de ella los recursos para financiar la guerra y los hombres necesarios para la formación del ejército revolucionario. La primera acción fue la toma de Pisagua por las Fuerzas del Congreso, que luego, sin embargo, sufrieron una aplastante derrota en Huara (7 de febrero). Este contratiempo no les impidió defender Iquique y derrotar definitivamente al ejército gobiernista de la zona, en la batalla de Pozo Almonte (7 de marzo). Todo el norte de Chile quedó así en poder de los revolucionarios, quienes formaron un gobierno paralelo en Iquique, con una junta formada por Montt, Waldo Silva Agüero y Ramón Barros Luco. Este gobierno tuvo mucho éxito en sus relaciones internacionales.
En respuesta, el gobierno en Santiago instituyó una dictadura dirigida por el ministro del Interior Domingo Godoy. Se cerró la Universidad de Chile, se detuvo a opositores y los tribunales civiles fueron reemplazados por cortes militares. Para darse legitimidad, Balmaceda hizo elegir un nuevo Congreso, que rápidamente aprobó todo lo obrado por el presidente desde el inicio de la revolución y además le otorgó facultades extraordinarias. pero poco después, éste le exigió la deposición de Godoy, que tuvo que ser aceptada por el presidente.
Después de muchos preparativos, el ejército revolucionario desembarcó en Quintero, cruzó el río Aconcagua y se enfrentó al ejército balmacedista en la batalla de Concón (21 de agosto), en la que lo derrotó ampliamente. Luego se libró el combate de Placilla (28 de agosto), que terminó de aniquilar a las fuerzas que defendían la causa de Balmaceda. Estas dos batallas causaron 7.600 bajas, entre muertos y heridos, de las cuales dos terceras partes pertenecían al ejército del gobierno.
Al conocer la derrota de su ejército, Balmaceda delegó el mando en el general Manuel Baquedano y se asiló en la legación argentina; finalmente ahí se suicidó el 19 de septiembre, cuando acababa de cumplir el período constitucional de su gobierno. Baquedano gobernó entre el 26 y 29 de agosto, cuando abandonó el palacio de gobierno, ocupado por la Junta de Gobierno presidida por Jorge Montt.
